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其实“正本”一词最早见于东汉时期班固所著《汉书.董仲舒转》。董仲舒是西汉孝景帝时的博士，后来他向汉武帝刘彻建议“废黜百家，独尊儒术”，造成此后两千多年的儒学正统局面。汉武帝宠信董仲舒，多次举行贤良、文学对策会议，以巩封建伦理体系。
在一次对策会议上董仲舒提出：“臣谨案《春秋》请一元之意，一者万物之所以始也，元者辞之所谓大也·。谓一元者，视大始而欲正本也。”这段话的意思是说，鲁隐公即位第一年（公元前722年）《春秋》不说一，而叫元年，这是因为视其宏大，打算从根本上端正是非。
也就是从君王开始，君王正心才能正朝廷，正朝廷才能正百姓，正百姓才能正万民，正万民才能正四方。这里董仲舒具体阐述他的“君权神授”、“天不变，道亦不变”主张，企图以此端正其他一切相背思想，以维护封建制度的永恒性，这就是董仲舒的“正本”内容。
西汉思想家 董仲舒
《汉书·刑法制》中使用的词语为”清源正本”，说“岂宜惟思所以清源正本之论，删定法律” 含义是删定法律、法令应当分清来源之真伪、好坏，以求从根本上端正。
唐·房玄龄《晋书·武帝纪》始用“正本清源”一词，西晋武帝三年（267），立皇子司马衷为皇太子，武帝发布诏书说：“朕以不德，托于四海之上，兢兢祗畏，惧无以康济寓内，思与天下式明王度，正本清源，于置胤树嫡，非所先务。又近世每建太子，宽宥施惠之事，间不获已，顺从王公卿士之议耳。”
这是说晋武帝司马炎（司马影之孙，司马昭之子）即位之初，结束了汉末以来的分裂局面，这时晋武帝政出恭俭，打算“与天下式明王度，正本清源”，可是他错误地总结了魏不能统一中国的教训，广封宗室于要地，到了晋惠帝（司马炎之子，名衷）时贾后专权，酿成“八王之乱”。
这时，匈奴、羯、鲜卑、氏羌等五族，乘“八王之乱”入侵中原，造成一百三十多年的“五胡十六国局面”。晋武帝说的“思与天下式明王度，正本清源”，其实是反而适得其反。
