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1、利他
药师咒的第一大愿，是愿自己得到菩提，以光明照曜无量无数无边的世界，让一切有情都得到庄严。这个愿望表达了对众生的关怀和慈悲，念诵药师咒可以帮助他人消除病苦、恢复健康。为病人持咒治病，最好能够先洗澡漱口，保持身口的清净。每次持咒108遍，加持在病人的药物、食物或煮开的水里给病人服用，可以帮助病人脱离病苦。
2、自利
药师咒的第二大愿，是愿自己得到菩提，以光明广大功德巍巍，身善安住焰网庄严过于日月，常保健康。念药师咒可以无病延年，常保健康。自己生病时，可以依照前面方法为自己解除疾病，多念药师咒可以保持健康，延年益寿。
3、往生药师佛净土
药师咒的第十二大愿，是愿众生贫无衣服、蚊虻寒热昼夜逼恼，闻我名已专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具华鬘涂香鼓乐众伎。念药师咒命终可以往生美丽的药师如来净土，不会有堕落三恶道的恐怖，也不必再来人间受冷暖之苦。念诵药师咒可以帮助我们往生净土，消除轮回之苦。
